Hamnstrategiutredningens huvuduppgift har varit att identifiera hamnar av särskilt strategisk betydelse för det svenska godstransportsystemet och föreslå regeringen vilka hamnar som ska ges prioritet i förhållande till övriga när det gäller statligt finansierad infrastruktur. I prioriteringsarbetet skulle hela Sverige beaktas. Vidare skulle utredningen föreslå vilka åtaganden och krav de prioriterade hamnarna ska uppfylla. Utredningen skulle också se över principerna för kostnadsfördelningen mellan stat och hamn när det gäller de allmänna farlederna samt presentera förslag på hur det framtida finansiella ansvaret för de allmänna farlederna bör vara utformat. I detta fanns en ambition att få en helhetssyn vad gäller den samlade infrastrukturen till och från Sveriges hamnar.