Det är väl dokumenterat att luftföroreningar, speciellt partiklar, har betydande effekter på Stockholmarnas hälsa, både genom påverkan på luftvägarna och på hjärt- kärlsystemen. Största delen av utsläppen av luftföroreningar sker av bilarna i Stockholms innerstad där också flest människor bor och vistas. Ett av målen med Stockholmsförsöket är att utsläppen av koldioxid, kväveoxider och partiklar i innerstadsluften skall minska. Mätningar har tydligt visat att Stockholmsförsöket har lett till minskad mängd trafik i Stockholms innerstad. Den minskade trafikmängden har lett till lägre utsläpp av koldioxid, partiklar och kväveoxider, vilket i sin tur minskat bidraget från trafiken till de totala halterna av partiklar (PM10) och kvävedioxid. Detta betyder att om försöket skulle permanentas, och ge samma minskningar i trafikmängden, så skulle trafiken i Stockholm inte bidra lika mycket till luftföroreningarna som utan miljöavgifter/trängselskatt.