Trafikverket har i samarbete med Stockholm Vatten AB samt Södertälje-, Salem- och Botkyrka kommun genomfört en åtgärdsvalsstudie avseende vattenskydd för Bornsjön. En åtgärdsvalsstudie är ett förberedande steg för val av åtgärder enligt fyrstegsprincipen och målet är att rekommendera de mest effektiva åtgärderna för att lösa den identifierade problembilden. Länsstyrelsen Stockholm, Räddningstjänsten (Södertörns brandförsvarsförbund) och Naturvårdsverket har varit involverade i processen. I Trafikverkets nationella kartläggning av konfliktpunkter mellan statlig infrastruktur och vattenskyddsområden pekades Bornsjön ut som ett område för vidare utredning. En riskanalys genomfördes 2015 för att bedöma vilken risk infrastrukturen runt Bornsjön utgör för ytvattentäkten. Riskanalysen visade på en förhöjd risk vilket ledde till att denna åtgärdsvalsstudie initierades. I arbetet har även andra risker än infrastruktur och trafik beaktats.