Trafikanalys har på regeringens uppdrag analyserat miljökonsekvenser av Sjöfartsverkets förslag till förändrat farledsavgiftssystem. Analysen omfattar både miljö- och klimatstyrande effekter av förändringarna. Farledsavgift tas idag ut när ett fartyg anlöper svensk hamn baserat på fartygets storlek samt på mängden lastat och lossat gods. Fartygsavgiften är miljödifferentierad med inriktning på kväveoxidreducering och fartyg som har installerat utrustning för reduktion av utsläpp av kväveoxid erhåller ett s.k. kväveoxidreduktionscertifikat som ger rabatt. I det av Sjöfartsverket föreslagna systemet föreslås rabatten för kväveoxidsreduktion ersättas med miljörabatter baserat på ett index bestående av fem olika miljöparametrar. Därutöver föreslås bland annat att en rad rabatter och avgiftsbefrielser tas bort, bland annat avgiftsbefrielsen i Vänern. Antalet debiterade anlöp per månad ökar för många fartygstyper och fartygsavgifter baseras på en klassindelning i netto istället för enhetsavgifter per brutto. En ny passageraravgift införs och en särskild beredskapsavgift föreslås. Trafikanalys har tittat på kostnader för miljöåtgärder och försökt att analysera hur stora incitament som krävs för att påverka redare att göra miljöanpassningar. Med beloppsmässigt mindre rabatter per miljöparameter som den breddade miljöstyrningen innebär, minskar incitamenten att fortsatt satsa på relativt kostsamma kväveoxidreducerande åtgärder. Redan i det nuvarande systemet ger rabatterna ett förhållandevis litet bidrag till de totala kostnaderna för katalysatorrening. I det föreslagna systemet kommer rabatterna att utgöra en än mindre andel av de aktuella åtgärdskostnaderna, vilket ytterligare minskar möjligheten att påverka redare att göra åtgärder.